大阪大学大学院 情報科学研究科 代謝情報工学講座 清水浩研究室

English Page

過去の活動

第4回代謝工学研究部会技術交流会のご案内(応募締め切りました)

日本生物工学会代謝工学研究部会では2016年度の活動の一環として、技術交流会を開催します。ご好評いただきました過去三回の交流会につづき、第四回交流会でも研究部会関係企業や大学院生、若手研究者を対象として、代謝シミュレーション技術の講習・実習を行います。今回から、代謝シミュレーションの実行環境をMatlab(無料体験版)に変更し、より実践的な実習を行います。また交流会の2日目では応用編として、OptKnockやフラックスバライアビリティー解析など、代謝工学に有用な新手法の解説と研究事例の紹介を行います。初めての参加者はもちろん過去の参加者のみなさまにも、代謝シミュレーションの新たな用途を知る機会としてふるってご参加いただきますよう宜しくお願い申し上げます。
日本生物工学会代謝工学研究部会 代表 清水浩

日時:平成28年11月19日(土)14:00~20日(日)12:00
場所:大阪大学情報科学研究科 B棟 B618演習室
http://www.ist.osaka-u.ac.jp/japanese/access/index.html
参加者数:8人
資料代:5,000円(懇親会費は当日徴収します)。
申し込み:①参加希望者名、②所属、③メールアドレス、④電話番号を記入したメールを下記までご送付ください。
申し込み締切り:2016年10月14日(金)
連絡先:〒565-0871 大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座 戸谷 吉博 (ytoya@ist.osaka-u.ac.jp, TEL 06-6879-7432)

その他:シミュレーション用ソフトウェアをインストールして実習に利用します。ソフトウェア、データはお持ち帰りいただけます。可能であればソフトウェアをインストール可能なノートPCをご持参ください。都合がつかない場合はご一報いただければ当方にて用意します。Matlabは30日間無料体験版を利用します(詳細は後日連絡します)。既に製品版をお持ちの方はインストールされたPCをお持ちいただいても問題ありません。宿泊は各自手配をお願いします。参加者が超過する場合は選考を行うことがあります。


プログラム
11月19日(土)
13:30~受付

14:00-15:00 講義:代謝シミュレーションの基礎(講師:清水浩 大阪大学教授)
内容:代謝シミュレーションの基礎となるフラックスバランス解析などの理論について学びます。

15:00-16:00 演習:代謝シミュレーションの実行(講師:戸谷吉博)
内容:持参したノートPCに代謝シミュレーションの実行に必要なプログラム(Matlabは30日間無料体験版およびCobra Toolbox)をインストールします。初心者向けに、ステップバイステップで作業を行い、代謝シミュレーションを実行出来るようにします。また、代謝シミュレーションがどのように実行されているのか理解します。

16:00-16:30 休憩

16:30-18:00 講義+演習:代謝シミュレーションの実行(講師:松田史生)
代謝シミュレーションを実行します。代謝モデルに目的物質の生合成経路を追加し、遺伝子破壊が目的物質の収率に及ぼす影響を解析します。また、多重変異株のシミュレーションを高速に実施可能なプログラムであるFastProsも実行してみます。

18:00-交流会

11月20日(日)
9:00-10:30 講義:ゲノムスケール代謝モデルや反応データベースの活用法(講師:松田史生)
ここ数年で整備、充実が著しいゲノムスケール代謝モデルの取得、活用法を説明します。また理論的にあり得る反応まで組み込んだ代謝反応データベースに関する最新の動向を紹介し、その代謝シミュレーションへの応用法を解説します。

10:30-12:00 講義:代謝シミュレーションを利用した研究の紹介(講師:戸谷吉博)
OptKnock、フラックスバライアビリティー解析など手法を活用した代謝シミュレーションの研究事例を紹介します。これらの研究を実際に行なう上で、どのように計算を行なうか解説します。疑問点などについて適時解説するQ&A形式で進めます。

12:00 解散

連絡先

〒565-0871

大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座

戸谷 吉博 (TEL 06-6879-7432)

協賛

科研費 新学術領域「新光合成:光変換システムの再最適化」


第3回代謝工学研究部会技術交流会のご案内(応募締め切りました)

2015.7.17 日本生物工学会代謝工学研究部会

さて、 本生物工学会代謝工学研究部会では2015年度の活動の一環として、技術交流会を 開催します。ご好評いただきました第一回、第二回につづき、第三回交流会では、研究部会関係企業や大学院生、アカデミア若手研究者を対象として、計算機をもちいた代謝シミュレーション技術の基礎を講習するとともに、実際に計算機を用いた実習を行います。初学者向けの内容から、実際の課題解決への利用法まで少人数のセミナー形式で行います。ふるってご参加いただきますようよろしくお願い申し上げます。

日本生物工学会代謝工学研究部会 代表 清水浩

日時:平成27年11月7日(土)14:00~8日(日)12:00

場所:大阪大学吹田キャンパス 情報科学研究科 B棟 B618

参加者数:8人

 参加費:5,000円、資料代込み。懇親会費別。参加費は当日徴収します。

 申し込み:①参加希望者名、②所属、③メールアドレス、④電話番号を記入したメールを下記までご送付ください。

申し込み締切り:2015年10月9日(金) 締め切りました。たくさんのご応募ありがとうございました。

連絡先:〒565-0871 大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座 松田 史生 (fmatsuda ist.osaka-u.ac.jp, TEL 06-6879-7432)

その他:シミュレーション用ソフトウェアをインストールして実習に利用します。ソフトウェア、データはお持ち帰りいただけます。可能であればソフトウェアをインストール可能なノートPCをご持参ください。都合がつかない場合はご一報いただければ当方にて用意します。宿泊は各自手配をお願いします。参加者が超過する場合は選考を行うことがあります。

プログラム

11月7日(土)

13:30~受付

14:00-15:00 講義:代謝シミュレーションの基礎(講師:清水浩大阪大学教授)

内容:代謝シミュレーションの基礎となるフラックスバランス解析などの理論について学びます。

15:00-16:00 演習:代謝シミュレーションの実行(講師:戸谷吉博)

内容:持参したノートPCに代謝シミュレーションの実行に必要なプログラムをインストールします。初心者向けに、ステップバイステップで作業を行い、代謝シミュレーションを実行出来るようにします。また、代謝シミュレーションがどのように実行されているのか理解します。

16:00-16:30 休憩

16:30-18:00 講義+演習:代謝シミュレーションの実行(講師:松田史生)

代謝シミュレーションを実行します、代謝モデルに目的物質の生合成経路を追加します。さらに遺伝子破壊が、目的物質の収率に及ぼす影響を解析します。また、多重変異株のシミュレーションを高速に実施可能なプログラムであるFastProsも実行してみます。

18:00-交流会

11月8日(日)

9:00-10:30 講義+演習:代謝シミュレーションの実際(講師:戸谷吉博)

代謝シミュレーションを用いた研究事例を紹介し、自身のPCで再現してみます。疑問点などについて適時解説するQ&A形式で進めます。

10:30-12:00 講義:代謝モデル作成とデータベース情報の活用法(講師:松田史生)

代謝モデルを作成する作業の実際と、勘所について説明します。またKEGG等の代謝経路データベースの活用法や、代謝シミュレーションへの応用法を紹介します。

12:00 解散

ファイルのダウンロード

ゲノムスケールモデルの詰め合わせ


第3回代謝工学研究部会シンポジウムは盛況の内終了いたしました。たくさんのご参加ありがとうございました。

講演資料配付のお知らせ

講演「中心代謝フラックス解析法の基礎」「トレーサー実験と13C代謝フラックス解析の違い」のスライド資料(抜粋)を希望者に配布いたします。所属氏名E-mailアドレスを記入したメールにて申し込みください。

申し込み先: shimizu _at_ ist.osaka-u.ac.jp (_at_ を@に変換ください)

大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座 清水 浩 宛

第3回代謝工学研究部会シンポジウム開催のご案内

「中心代謝のフラックスレベルでの理解に向けて」

2014.11.10 日本生物工学会代謝工学研究部会

近年、微生物、動物培養細胞の中心炭素代謝機能の理解にむけた代謝フラックスの解析が、注目されています。そこで、中心代謝のフラックスレベルでの理解に向けたシンポジウムを企画しました。中心炭素代謝制御研究の現状や、13C同位体標識化合物の取り込み実験データに基づく代謝フラックス解析法の基礎、これまでの代謝分析法との違い、また実際の解析例の紹介を行います。中心代謝制御に関心がある、またフラックス解析を手がけてみたいと考えておられる研究者、学生の皆様の来聴を歓迎します。

日時:平成27年1月20日(火)13:30~18:00 (予定)

場所:大阪大学吹田キャンパス 情報科学研究科 B棟 B101

参加費:無料

申し込み:不要

連絡先:〒565-0871 大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座 松田 史生 (fmatsuda ist.osaka-u.ac.jp, TEL 06-6879-7432)

プログラム(プログラムは今後変更の可能性があります)

13:30~13:40 あいさつ

清水 浩(大阪大学大学院情報科学研究科)

13:40~14:30「代謝工学を目的としたラン藻の炭素代謝改変法について」

小山内崇(理化学研究所環境資源科学研究センター)

14:30~15:20「中心代謝フラックス解析法の基礎」

清水 浩(大阪大学大学院情報科学研究科)

15:30~16:20「トレーサー実験と13C代謝フラックス解析の違い」

松田史生(大阪大学大学院情報科学研究科)

16:20~17:10「代謝フラックス解析の実際<物質生産微生物、光合成微生物、培養細胞>」

戸谷吉博 (大阪大学大学院情報科学研究科)

17:30~ 交流会


第二回代謝工学研究部会技術交流会開催のご案内

2014.5.19 日本生物工学会代謝工学研究部会

日本生物工学会代謝工学研究部会では2014年度の活動の一環として、技術交流会を開催します。昨年度の第一回技術交流会では、研究部会関係企業の研究者を対象に計算機をもちいた代謝シミュレーション技術について交流会を実施しました。第二回交流会では、対象を大学院生、アカデミア若手研究者へと拡げ、計算機をもちいた代謝シミュレーション技術の基礎を講習するとともに、実際に計算機を用いた実習を行います。初学者向けの内容から、実際の課題解決への利用法まで少人数のセミナー形式で行います。ふるってご参加いただきますようよろしくお願い申し上げます。

日時:平成26年11月8日(土)14:00~9日(日)14:30

場所:大阪大学情報科学研究科 B棟 B618演習室

参加者数:8人

参加費:5,000円、資料代、11月9日昼食込み。交流会費別。参加費は当日徴収します。

申し込み:①参加希望者名、②所属、③メールアドレス、④電話番号を記入したメールを下記までご送付ください。

申し込み締切り:2014年9月30日(火)締め切りました。多数のご応募ありがとうございました。

連絡先:〒565-0871 大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座 松田 史生 (fmatsuda@ist.osaka-u.ac.jp, TEL 06-6879-7432)

その他:シミュレーション用ソフトウェアをインストールして実習に利用します。ソフトウェア、データはお持ち帰りいただけます。可能であればソフトウェアをインストール可能なノートPCをご持参ください。都合がつかない場合はご一報いただければ当方にて用意します。宿泊は各自手配をお願いします。参加者が超過する場合は選考を行うことがあります。

プログラム

11月8日(土)

13:30~受付

14:00-15:00 講義:代謝シミュレーションの基礎(講師:清水浩大阪大学教授)

内容:代謝シミュレーションの基礎となるフラックスバランス解析などの理論について学びます。

15:00-16:00 演習:代謝シミュレーションの実行(講師:吉川勝徳)

内容:持参したノートPCに代謝シミュレーションの実行に必要なプログラムをインストールします。初心者向けに、ステップバイステップで作業を行い、代謝シミュレーションを実行出来るようにします。また、代謝シミュレーションがどのように実行されているのか理解します。

16:00-16:30 休憩

16:30-18:00 講義+演習:代謝シミュレーションの実行(講師:吉川勝徳)

代謝シミュレーションを実行します、代謝モデルに目的物質の生合成経路を追加します。さらに遺伝子破壊が、目的物質の収率に及ぼす影響を解析します。また、多重変異株のシミュレーションを高速に実施可能なプログラムであるFastProsも実行してみます。

18:00-交流会

11月9日(日)

9:00-10:30 講義+演習:代謝シミュレーションの実際(講師:戸谷吉博)

代謝シミュレーションを用いた研究事例を紹介し、自身のPCで再現してみます。疑問点などについて適時解説するQ&A形式で進めます。

10:30-12:00 講義:代謝モデル作成の実際(講師:吉川勝徳)

代謝モデルを作成する作業の実際と、勘所についてシアノバクテリアの代謝モデル作成例をもとに説明します。

13:00-14:30講義+演習:データベース情報の活用法(講師:松田史生)

KEGG等の代謝経路データベースの活用法や、代謝シミュレーションへの応用法を紹介します

14:30 解散

以上

演習用ソフトウェアのダウンロードおよびインストール法

GNU Octave, WOctave, COBRA toolboxの順でダウンロードおよびインストール行います。いずれもフリーウェアです。

詳細はインストール資料を参考にしてください。

  1. octave-3.6.4-vs2010-setup.exe をリンク先よりダウンロード
  2. ダウンロードした「octave-3.6.4-vs2010-setup.exe」を実行
  3. セットアップは基本的にはデフォルトでOK
  4. インストールする"Destination Folder"は通常では「C:\Software\Octave-3.6.4\」になるはず。このパスに日本語が含まれないほうがトラブルが生じにくい
  5. WOctave_1_3_3_bin.zipをリンク先よりダウンロード
  6. ダウンロードした「WOctave_1_3_3_bin.zip」をダブルクリックし、「ファイルをすべて展開する」などで展開すると、デスクトップなどに「Release」というフォルダができる。
  7. デスクトップに「WOctave_1_3_2_bin」フォルダを新規作成し、「Release」フォルダを移動する。
  8. 「Release」フォルダを開き、「WOctave.exe」を実行
  9. 「Can not start GNU OCtave, please check its path setting in 'Edit->Preferences'」というエラーが出るので、「OK」を推す。
  10. Edit->Preferences よりOctave Pathを「C:\Software\Octave-3.6.4\bin」などと設定する。
  11. WOctaveを再起動する。
  12. 右下の「Terminal」に「1+1」と入力し、「ans = 2」と出ればOK
  13. cobra_2.0.5.zipをリンク先よりダウンロード
  14. ダウンロードした「WOctave_1_3_3_bin.zip」をダブルクリックし、「ファイルをすべて展開する」などで展開すると、デスクトップなどに「cobra」というフォルダができる。
  15. 先ほど作成した「WOctave_1_3_2_bin」フォルダの中の「Release」の中に、「program」フォルダを新たに作成する。
  16. 作成した「program」内へ、Zipファイルを解凍してできた「cobra」フォルダを移動する。下記のような関係になる。WOctave_1_3_3_bin\Release\program\cobra\
  17. WOctave_1_3_3_bin\Release\program\cobra\external\toolboxes\glpkmex を開く
  18. 「glpk.m」のファイル名を「_glpk.m」に変更(Octaveには、もともとglpkが含まれているため)
  19. WOctaveを実行し、左上のFolderから、現在のパスを「WOctave_1_3_3_bin\Release\program」に変更
  20. 右下のTerminalで下記を入力
  21. addpath(genpath(pwd))[リターン]
  22. changeCobraSolver('glpk')[リターン]
  23. ans =  1 と表示されればOK
  24. 以上です。データファイル等を当日配布いたします。

追加プログラムのダウンロードおよびインストール (11月8日演習時に行います。)

演習で使用するプログラムを下記手順に従ってインストールして下さい。

  1. リンク先より"program20141108.zip"をダウンロードする。
  2. ダブルクリックし、「ファイルをすべて展開する」などで展開すると、デスクトップなどに「program20141108」フォルダができる。中の「配布プログラム」フォルダに「function」フォルダや、多数のファイルが保存されている。 
  3. 「配布プログラム」フォルダの中の全てのフォルダとファイルを「WOctave_1_3_3_bin\Release\program\」に移動する。
  4. functionフォルダは「WOctave_1_3_3_bin\Release\program\function」となる。
Page Top