大阪大学大学院 情報科学研究科 代謝情報工学講座 清水浩研究室

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日本生物工学会代謝工学研究部会

日本生物工学代謝工学研究部会は代謝工学分野において日本が世界をリードしていくための要素技術の開発と産業化の成功をめざし、学術の発展、情報の交換を行って、本分野の活性化をし、生物工学分野において世界をリードすることを目指しています。

第四回代謝工学研究部会技術交流会開催のご案内

本生物工学会代謝工学研究部会では2016年度の活動の一環として、技術交流会を開催します。ご好評いただきました過去三回の交流会につづき、第四回交流会でも研究部会関係企業や大学院生、若手研究者を対象として、代謝シミュレーション技術の講習・実習を行います。今回から、代謝シミュレーションの実行環境をMatlab(無料体験版)に変更し、より実践的な実習を行います。また交流会の2日目では応用編として、OptKnockやフラックスバライアビリティー解析など、代謝工学に有用な新手法の解説と研究事例の紹介を行います。初めての参加者はもちろん過去の参加者のみなさまにも、代謝シミュレーションの新たな用途を知る機会としてふるってご参加いただきますよう宜しくお願い申し上げます。
日本生物工学会代謝工学研究部会 代表 清水浩

日時:平成28年11月19日(土)14:00~20日(日)12:00
場所:大阪大学情報科学研究科 B棟 B618演習室
http://www.ist.osaka-u.ac.jp/japanese/access/index.html
参加者数:8人
資料代:5,000円(懇親会費は当日徴収します)。
申し込み:①参加希望者名、②所属、③メールアドレス、④電話番号を記入したメールを下記までご送付ください。
申し込み締切り:2016年10月14日(金)
連絡先:〒565-0871 大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座 戸谷 吉博 (ytoya@ist.osaka-u.ac.jp, TEL 06-6879-7432)

その他:シミュレーション用ソフトウェアをインストールして実習に利用します。ソフトウェア、データはお持ち帰りいただけます。可能であればソフトウェアをインストール可能なノートPCをご持参ください。都合がつかない場合はご一報いただければ当方にて用意します。Matlabは30日間無料体験版を利用します(詳細は後日連絡します)。既に製品版をお持ちの方はインストールされたPCをお持ちいただいても問題ありません。宿泊は各自手配をお願いします。参加者が超過する場合は選考を行うことがあります。


プログラム
11月19日(土)
13:30~受付

14:00-15:00 講義:代謝シミュレーションの基礎(講師:清水浩 大阪大学教授)
内容:代謝シミュレーションの基礎となるフラックスバランス解析などの理論について学びます。

15:00-16:00 演習:代謝シミュレーションの実行(講師:戸谷吉博)
内容:持参したノートPCに代謝シミュレーションの実行に必要なプログラム(Matlabは30日間無料体験版およびCobra Toolbox)をインストールします。初心者向けに、ステップバイステップで作業を行い、代謝シミュレーションを実行出来るようにします。また、代謝シミュレーションがどのように実行されているのか理解します。

16:00-16:30 休憩

16:30-18:00 講義+演習:代謝シミュレーションの実行(講師:松田史生)
代謝シミュレーションを実行します。代謝モデルに目的物質の生合成経路を追加し、遺伝子破壊が目的物質の収率に及ぼす影響を解析します。また、多重変異株のシミュレーションを高速に実施可能なプログラムであるFastProsも実行してみます。

18:00-交流会

11月20日(日)
9:00-10:30 講義:ゲノムスケール代謝モデルや反応データベースの活用法(講師:松田史生)
ここ数年で整備、充実が著しいゲノムスケール代謝モデルの取得、活用法を説明します。また理論的にあり得る反応まで組み込んだ代謝反応データベースに関する最新の動向を紹介し、その代謝シミュレーションへの応用法を解説します。

10:30-12:00 講義:代謝シミュレーションを利用した研究の紹介(講師:戸谷吉博)
OptKnock、フラックスバライアビリティー解析など手法を活用した代謝シミュレーションの研究事例を紹介します。これらの研究を実際に行なう上で、どのように計算を行なうか解説します。疑問点などについて適時解説するQ&A形式で進めます。

12:00 解散

連絡先

〒565-0871

大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座

戸谷 吉博 (TEL 06-6879-7432)

協賛

科研費 新学術領域「新光合成:光変換システムの再最適化」


リンク

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