大阪大学大学院 情報科学研究科 代謝情報工学講座 清水浩研究室

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日本生物工学会代謝工学研究部会

日本生物工学代謝工学研究部会は代謝工学分野において日本が世界をリードしていくための要素技術の開発と産業化の成功をめざし、学術の発展、情報の交換を行って、本分野の活性化をし、生物工学分野において世界をリードすることを目指しています。

第6回代謝工学研究部会技術交流会のご案内

日本生物工学会代謝工学研究部会では2018年度の活動の一環として、技術交流会を開催します。ご好評いただきました過去五回の交流会につづき、第六回交流会でも研究部会関係企業や大学院生、若手研究者を対象として、代謝シミュレーション技術の講習・実習を行います。代謝シミュレーションの実行環境にMatlab(体験版)を利用し、より実践的な形式で実習を行うため、論文発表されているシミュレーションを活用した代謝工学の研究事例を参考に、研究を実際に行なう上で、どのように計算を行なうか解説・体験します。

日時:平成30年12月15日(土)10:00~18:00
場所:大阪大学情報科学研究科 B棟 B511 オープンラボ
http://www.ist.osaka-u.ac.jp/japanese/access/index.html
参加者数:8人
資料代:5,000円(懇親会費は当日徴収します)。
申し込み:①参加希望者名、②所属、③メールアドレス、④電話番号を記入したメールを下記までご送付ください。
申し込み締切り:2018年10月31日(水)
連絡先:〒565-0871 大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科代謝情報工学講座 戸谷 吉博 (ytoya@ist.osaka-u.ac.jp, TEL 06-6879-7432)

その他:シミュレーション用ソフトウェアをインストールして実習に利用します。ソフトウェア、データはお持ち帰りいただけます。可能であればソフトウェアをインストール可能なノートPCをご持参ください。都合がつかない場合はご一報いただければ当方にて用意します。Matlabは30日間無料体験版を利用します(詳細は後日連絡します)。既に製品版をお持ちの方はインストールされたPCをお持ちいただいても問題ありません。宿泊は各自手配をお願いします。参加者が超過する場合は選考を行うことがあります。


プログラム
12月15日(土)
9:30~受付

10:00-11:00 講義:代謝シミュレーションの基礎(講師:清水浩 大阪大学教授)
内容:代謝シミュレーションの基礎となるフラックスバランス解析などの理論について学びます。

11:00-12:00 演習:代謝シミュレーションの実行(講師:豊島正和)
内容:持参したノートPCに代謝シミュレーションの実行に必要なプログラムをインストールします。初心者向けに、ステップバイステップで作業を行い、代謝シミュレーションを実行出来るようにします。また、代謝シミュレーションがどのように実行されているのか理解します。

12:00-13:00 昼食

13:00-14:30 講義+演習:代謝シミュレーションの実行(講師:豊島正和)
代謝シミュレーションを実行します。代謝モデルに目的物質の生合成経路を追加し、遺伝子破壊が目的物質の収率に及ぼす影響を解析します。また、多重変異株のシミュレーションを高速に実施可能なプログラムであるFastProsも実行してみます。

14:30-16:00 講義:ゲノムスケール代謝モデルや反応データベースの活用法(講師:戸谷吉博)
ここ数年で整備、充実が著しいゲノムスケール代謝モデルの取得、活用法を説明します。また理論的にあり得る反応まで組み込んだ代謝反応データベースに関する最新の動向を紹介し、その代謝シミュレーションへの応用法を解説します。

16:00-16:30 休憩

16:30-18:00 講義+演習:代謝シミュレーションを利用した研究の紹介(講師:戸谷吉博)
シミュレーションを活用した代謝工学についての研究事例を紹介します。実際に、大腸菌によるコハク酸の生産についての研究などを紹介し、これらの研究を実際に行なう上で、どのように計算を行なうか解説します。疑問点などについて適時解説するQ&A形式で進めます。

参考 Tokuyama et al. (2018) Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain. Biotechnol Bioeng. 115(6):1542-1551.

18:00-交流会


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