大阪大学大学院 情報科学研究科 代謝情報工学講座 清水浩研究室

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日本生物工学会代謝工学研究部会

日本生物工学代謝工学研究部会は代謝工学分野において日本が世界をリードしていくための要素技術の開発と産業化の成功をめざし、学術の発展、情報の交換を行って、本分野の活性化をし、生物工学分野において世界をリードすることを目指しています。

第8回代謝工学研究部会技術交流会のご案内

日本生物工学会 代謝工学研究部会では2021年度の活動の一環として、研究部会関係企業や大学院生、若手研究者を対象とした技術交流会を開催します。昨年度はコロナ禍のため開催を見合わせましたが、本年度はオンラインでの開催の目途がつきましたので、オンライン形式での代謝シミュレーション技術の講習・実習を行います。これまでは日程・地理的な理由で参加が難しかった方も奮って参加して頂ければ幸いです。本年度の技術交流会では、論文発表されている研究事例を参考に、遺伝子破壊による代謝経路の設計や律速反応候補を抽出するための手法について、実際に解析を行なう際にどのように計算を行なうか解説・体験します。代謝シミュレーションの実行環境はMatlab(体験版)を利用します。

日時:2021年10月14日(木)10:00~18:00
場所:オンライン Zoom
参加者数:10人程度
資料代:無料
申し込み:①参加希望者名、②所属、③メールアドレス、④電話番号を記入したメールを下記までご送付ください。
申し込み締切り:2021年8月31日(火)
連絡窓口:戸谷 吉博 (ytoya@ist.osaka-u.ac.jp, TEL 06-6879-7432)

その他:シミュレーション用ソフトウェアをインストールして実習に利用します。Matlabは30日間無料体験版を利用します(詳細は後日連絡します)。製品版をお持ちの方はインストールされたPCをご用意いただいても問題ありません。参加希望多数の場合は選考を行うことがあります。


プログラム

10月14日(木)
10:00~10:10 挨拶

10:10-11:00 講義:代謝シミュレーションの基礎(講師:清水 浩 大阪大学教授)
内容:代謝シミュレーションの基礎となるフラックスバランス解析の理論を学びます。

11:00-12:00 演習1:代謝シミュレーションの実行(講師:二井手 哲平)
内容:ご自身のPCに代謝シミュレーションの実行に必要なプログラムをインストールします。初心者向けに、ステップバイステップで作業を行い、代謝シミュレーションを実行出来るようにします。また、代謝シミュレーションがどのように実行されているのか理解します。

12:00-13:00 昼休み

13:00-14:30 演習2:代謝シミュレーションの実行(講師:二井手 哲平)
代謝シミュレーションを実行します。代謝モデルに目的物質の生合成経路を追加し、遺伝子破壊が目的物質の収率に及ぼす影響を解析します。

14:30-16:00 講義:代謝シミュレーションを利用した研究の紹介(講師:戸谷 吉博)
シミュレーションを活用した代謝工学についての研究事例を紹介します。実際に、大腸菌による有用物質生産についての研究などを紹介し、これらの研究を実際に行なう上で、どのように計算を行なうか解説します。

16:00-16:30 休憩

16:30-18:00 講義:ゲノムスケール代謝モデルや反応データベースの活用法(講師:戸谷 吉博)
実際に研究に活用するためのゲノムスケール代謝モデルの取得方法やその活用法を説明します。また代謝反応データベースに関する最新の動向を紹介し、その代謝シミュレーションへの応用法を解説します。疑問点などについて適時解説するQ&A形式で進めます。

18:00- 終わりに


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