大阪大学大学院 情報科学研究科 代謝情報工学講座 清水浩研究室

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過去の新着情報

過去の新着情報 (2012-2015)

2015.12.25

本日清水研でB4の中間報告会を行いました。B4のみなさん、お疲れさまでした!

2015.12.17

12月15日(火)に清水研でM2中間報告会を行いました。M2のみなさん、お疲れさまでした!

2015.11.30

12月7日(月)・8日(火)の神戸大学バイオプロダクション次世代農工連携拠点が主催する第6回アジアワークショップで松田准教授が報告します(8日)。また7日のポスターセッションでは、D2岡橋伸幸君とD1徳山健斗君がポスター発表をします。

2015.11.26

12月1日(火)から4日(金)まで神戸ポートアイランドで行われますBMB2015の4日目のワークショップ「はたらく細胞内共生体」に松田准教授が参加します。ワークショップでの報告タイトルは「出芽酵母代謝における細胞質とミトコンドリアの使い分け」(4W16-4)です。

2015.11.24

12月7日に行われます金沢大学がん進展制御研究所 共同利用・共同研究拠点研究成果報告会で清水教授が報告します。報告タイトルは「がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明」です。

2015.11.9

11月7日(土)・8日(日)に大阪大学大学院情報科学研究科(清水研主催)で第3回代謝工学研究部会・技術交流会を開催いたしました。盛況のうちに終了することができました。参加者の皆様お疲れさまでした。ありがとうございました。

2015.11.6

11月16日・17日にかずさアカデミアホール(千葉県)で行われます藍藻の分子生物学2015で、B4植林希代加さんがポスター発表(「Synechocystis sp. PCC 6803光化学系の定量プロテオーム分析系の構築」)を、松田准教授がポスタートーク(「Synechocystis sp. PCC 6803中心代謝のトランスオミクス解析」)を行います。

2015.10.29

D1徳山健斗君が第67回日本生物工学会大会で「第4回生物工学学生優秀賞(飛翔賞)」を受賞しました。受賞したポスター発表のタイトルは「代謝シミュレーションと実験室進化実験の統合による有用発酵微生物育種の実践」です。おめでとうございます!

2015.10.16

10月26日(月)から28日(水)まで鹿児島市の城山観光ホテルで開催されます第67回日本生物工学会大会におきまして、清水研スタッフをはじめ、D2早川謙嗣さん、D1徳山健斗君、和田圭介君、M1前田昂亮君、野村悠太君が発表します。

2015.9.30

9月28日(月)に専攻で博士課程の学生の中間報告会が行われました。お疲れさまでした!

2005.9.28

10月1日(木)から2日(金)まで三島市で行われます第9回メタボロームシンポジウム2015で松田准教授が発表します。発表タイトルは「トランスオミクス解析による中心代謝制御の解読」です。

2015.9.25

本日(9月25日(金))学位授与式が執り行われました。当研究室ではRiyantoさんが修了しました。おめでとうございます!

2015.9.7

9月17日(木)、18日(金)に浜松で行われます第40回日本医用マススペクトル学会年会のシンポジウムに松田准教授が参加します。シンポジウムのタイトルは「トランスオミクス解析が切り拓く次世代医療におけるバイオマーカー探索」です。

2015.9.4

9月9日(水)から11日(金)に北海道大学札幌キャンパスで開催されます化学工学会第47回秋季大会で、清水教授と戸谷助教が発表します。

2015.9.3

8月31日と9月1日に天橋立に講座旅行に行きました。

2015.8.17

清水研は本日より後期開始です。どうぞよろしくお願いします!
2015.7.28 7月27日(月)に中間報告会を行い、M1以上が研究の進捗状況を発表しました。お疲れさまでした!
2015.7.21 6月17日(水)-19日(金)に行われました第63回質量分析総合討論会でD2岡橋伸幸君がベストプレゼンテーション賞ポスター発表部門・優秀賞(ポスタータイトル「動物培養細胞中枢代謝経路における13C代謝フラックス解析法の構築」)を受賞しました!おめでとうございます!
2015.7.10 7月16日(木)・17日(金)に石川県立音楽堂交流ホールで行われます第3回がんと代謝研究会でD2岡橋伸幸君がポスター発表します!発表タイトルは「p53欠損マウス軟部腫瘍由来細胞株の13C代謝フラックス解析」です。
205.7.9 7月15日(水)から17日(金)までホテルウェルネス大和路(奈良県桜井市)で行われますヒューマンウェアイノベーションプログラム(リーディング第4部門)若手主体合宿研究交流会に、リーディング履修生2名(D1徳山健斗、M2森田啓介)が参加し、ポスター発表などを行います!
2015.7.6 清水研スタッフ(清水、松田、戸谷)執筆の総説「代謝デザインと13C同位体標識を用いた代謝フラッ クス解析の物質生産への応用」が『化学と生物』(53(7), 455-461 (2015))に掲載となりました。
2015.6.29 6月29日(月)13:00より4回生が中間報告会を行います。
2015.6.25 7月11日(土)・12日(日)にタナベ名古屋研修センターで行われます2015年生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナーで、D2岡橋伸幸君、M2森田啓介君がポスター発表します。
2015.6.8 6月17日(水)から19日(金)につくば国際会議場で行われます第63回質量分析総合討論会で、D2岡橋伸幸君、D1日浅夏希さん、M1前田昂亮君がポスター発表します!
2015.6.1 戸谷助教の論文"Enhanced dipicolinic acid production during the stationary phase in Bacillus subtilis by blocking acetoin synthesis"がBioscience, Biotechnology, and Biochemistryにアクセプトされました!
2015.6.1 博士後期課程2年岡橋伸幸君の論文"Metabolic characterization of cultured mammalian cells by mass balance analysis, tracer labeling experiments and computer-aided simulations"がJournal of Bioscience and Bioengineering に採択・掲載されました!
2015.6.1 博士後期課程1年日浅夏希さんの論文"Design and control of a ray-mimicking soft robot based on morphological features for adaptive deformation"がAROB Journalにアクセプトされました!
2015.5.1 5月22日(金)に大阪大学吹田キャンパス銀杏会館で行われる第2回SBJシンポジウムで清水教授が講演します(10:00-10:40)。タイトルは"In silico metabolic pathway design and 13C-based metabolic flux analysis for bio-production"です。参加費無料です。
2015.4.30 博士課程1年早川さんの論文"13C-metabolic flux analysis in S-adenosyl-L-methionine production by Saccharomyces cerevisiae"が Journal of Bioscience Bioengineeringに採択・掲載されました。
2015.4.16 戸谷吉博さんが助教に着任しました。よろしくお願いします!
2015.4.1 新4回生の6名が研究室に配属されました!詳しくは「メンバー」ページをご覧ください。
2015.3.30  3月26日-29日に開催されました「日本農芸化学会2015年度大会に清水教授、松田准教授、戸谷特任助教、岡橋くん、早川くん、森田くん、西野くん、増田さんが参加、発表しました。
2015.3.26
D3Riyanto Heru Nugrohoくんの論文"Metabolomic analysis of acid stress response in Saccharomyces cerevisiae"がJour Biosci Bioengに採択・掲載されました!
2015.3.23
3月19日から21日に芝浦工業大学で行われました化学工学会第80年会で、D2岡橋伸幸くんが第80年会本部大会学生賞特別賞を受賞しました。おめでとうございます!

2015.3.23

 3月19日-21日に開催されました「化学工学会第80年会」に清水教授、戸谷特任助教、岡橋くんが参加、発表しました。
2015.3.2
2/28付けにて吉川助教が退職しました。
2015.3.2
2/24(火)4回生の卒業論文発表会が無事終了しました。
2015.2.19
2月13日(金)修士論文発表会が無事終了し、辰巳・徳山・生越くん、日浅さんが合格しました!おめでとうございます!!
2015.1.28
D3梶畠秀一くんの論 文"13C-based metabolic flux analysis of Saccharomyces cerevisiae with a reduced Crabtree effect"がJournal of Bioscience and Bioengineeringにアクセプトされました!
2015.1.28
M1西野駿佑くんの論 文"Absolute quantitation of glycolytic intermediates reveals thermodynamic shifts in Saccharomyces cerevisiae strains lacking PFK1 or ZWF1 genes"がJournal of Bioscience and Bioengineeringにアクセプトされました!
2015.1.23
1月21日(水)から22日(木)にかけて石川県立音楽堂交流ホールにて開催されました日本癌学会主催、金沢大学がん進展制御研究所共催の日本癌学会シンポジウム/共同利用・共同研究拠点シンポジウムで、博士後期課程1年の岡橋伸幸くんが「13C標識実験によるグルタミンの還元的代謝の解析」というタイトルでポスター発表しました。
2015.1.20
1月20日(火)に、理化学研究所環境資源科学研究センター小山内崇研究員をお招きして、代謝工学研究部会第3回シンポジウムを開催いたしました!
2015.1.10
1月11日・12日に九州大学で開催されました定量生物学の会第7回年会で、博士後期課程3年の梶畠秀一くんが「pgi遺伝子摂動に対する大腸菌の代謝変動の時系列定量代謝フラックス解析」というタイトルでポスター発表をしました。
2015.1.6
新年明けましておめでとうございます!本年も清水研究室をどうぞよろしくお願いいたします!
2014.12.2
11月26日、松田准教授がターゲットプロテオミクスワークショップにおいて「Ultra fast mass spectrometry と Skyline をもちいたターゲットプロテオミクス」という 演題で発表を行いました。
2014.12.2
11月23日、松田准教授が、第3回植物二次代謝フロンティア研究会において「植物二次代謝の多様性を捉える」という演題で発表を行いました。
2014.12.1 生物工学会誌 vol.92(11月号)に松田准教授・吉川助教・清水教授の総説”代謝シミュレーションによる細胞内代謝のデザインと工学的応用”が掲載されました!
2014.11.26

戸谷特任助教の論文"SSDesign: Computational metabolic pathway design based on flux variability using elementary flux modes"がBiotechnology and Bioengineeringにアクセプトされました!

2014.11.11

11月8日-9日に開催いたしました「代謝工学研究部会第2回技術交流会」が無事終了いたしました。多数ご参加いただき、ありがとうございました!

2014.10.29

松田准教授と理化学研究所環境資源科学研究センター、農業生物資源研究所との共同研究の成果論文がThe Plant Journalアクセプトされました。[成果発表]

"Metabolome-genome-wide association study (mGWAS) dissects genetic architecture for generating natural variation in rice secondary metabolism"

2014.10.1

10月1日、博士後期課程に早川謙嗣さんが新しいメンバーとなりました!

2014.9.22

9月17日-19日に開催されました「第46回化学工学会秋季大会」に清水教授が参加、発表しました。

2014.9.16

9月9日-11日に開催されました「第66回日本生物工学会大会」に清水教授、松田准教授、吉川助教、戸谷特任助教、岡橋くん、西野くん、松迫くん、大橋くんが参加、発表しました。

2014.9.8

9月3日-5日に開催されました「グラム陽性菌ゲノム機能会議」に戸谷特任助教が参加しました。

2014.8.28

8月21日-22日に開催されました「第32回日本植物細胞分子生物学会」に松田准教授が参加し、奨励賞を受賞しました!

2014.8.27

8月25-26日、研究室旅行で伊勢方面へ行きました!

2014.8.18

清水教授が、バイオインダストリー協会主催〝未来へのバイオ技術”勉強会「藻類が拓くグリーンバイオ成長戦略のラストステージ」にて「微細藻細胞工場の創製のための代謝工学基盤技術開発」というタイトルで報告しました。

2014.8.4

松田准教授が8月9日(土)に島津製作所関西支社マルチホールで開催されます第147回質量分析関西談話会で「13C代謝フラックス解析法の基礎と応用」というタイトルで講演します。詳細はこちらです。

2014.7.22

松田准教授の論文"Rethinking mass spectrometry-based small molecule identification strategies in metabolomics"がMass Spectrometry誌にアクセプトされました!

2014.7.14

7月10日-11日に開催されました「第2回がんと代謝研究会」に清水教授、松田准教授が参加し、ポスター賞(銅賞)を受賞しました!

2014.7.8

清水教授が総長顕彰を受け、松田准教授が総長奨励賞を受賞しました。

2014.7.2

松田准教授の論文"NanoLC-MRM based quantitative platform for analyzing multiple enzymes associated with central metabolic pathways of Saccharomyces cerevisiae using ultra-fast mass spectrometry"がJournal of Bioscience and Bioengineeringにアクセプトされました!

2014.7.1

博士後期課程3年大野くんの論文"In silico screening of triple reaction knockout Escherichia coli strains for overproduction of useful metabolites"が(社)日本生物工学会≪第22回生物工学論文賞≫を受賞しました!

博士前期課程1年岡橋くんの"遊離代謝物質を用いた13C代謝フラックス解析法の構築と生物反応プロセスへの応用"が(社)日本生物工学会≪第3回生物工学学生優秀賞(飛翔賞)≫を受賞しました!

おめでとうございます!!

2014.6.27

6月23日-26日に山形県鶴岡市にて開催されました「Metabolomics2014」に清水教授、松田准教授, 梶畠くん、岡橋くん、Riyantoさんが参加・発表しました。

2014.6.23

6月15日-20日にバンクーバーにて開催されました「Metabolic Engineering Ⅹ」に清水教授、松田准教授, 吉川助教、戸谷特任助教、岡橋くん、徳山くんが参加・発表しました。

2014.6.23 吉川勝徳助教の論文"Effect of malic enzyme on ethanol production by Synechocystis sp. PCC 6803."がJournal of Bioscience and Bioengineeringにアクセプトされました!
2014.6.23 D3仲嶋翼くんの論文"Integrated Metabolic Flux and Omics Analysis of Synechocystis sp. PCC 6803 under Mixotrophic and Photoheterotrophic Conditions"がPlant and Cell Physiology誌にアクセプトされました!
2014.6.10 6月4日-5日にUCLAにて開催されましたワークショップに清水教授、松田准教授が参加・発表しました。
2014.6.2 5月30日-31日に近畿大学 奈良キャンパスで開催されました「第5回日本光合成学会年会・シンポジウム」に吉川助教、松迫さんが発表しました。
2014.5.28 平沢敬招へい准教授の共同論文 "Enhanced acetic acid and succinic acid production under microaerobic conditions by Corynabacterium glutamicum harboroing Escherichia coli transhydrogenase gene pntAB"がJournal of General and Applied Microbiologyにアクセプトされました!
2014.5.21

博士前期課程1年岡橋君の論文"Reliable metabolic flux estimation in Escherichia coli  central carbon metabolism using intracellular free amino acids"がMetabolites誌にアクセプトされました!

2014.5.19

5月14-16日に開催されました、第62回質量分析総合討論会に松田准教授、岡橋くん、西野くんが参加・発表し、岡橋くんが『ベストプレゼンテーション賞・優秀賞』を受賞しました。

2014.5.19

D3梶畠くんの論文"OpenMebius: An open source software for isotopically nonstationary 13C-based metabolic flux analysis"がBioMed Research Internationalにアクセプトされました!

2014.5.2

5月2日に高校生を向かえ1日体験教室(オープン研究室)を行いました。当日の様子はこちらをご覧ください。

2014.4.30

M2徳山くんの論文”Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol, by modification of central metabolism in Escherichia coli " がMicrobial Cell Factoriesにアクセプトされました!

2014.4.10

2014年4月10日韓国慶州で開催された、韓国生物工学会(Korean Society for Biotechnology and Bioengineering)、日中韓代謝工学シンポジウムで清水浩教授が招待講演を行いました。

2014.4.3 新4回生の5名が研究室に配属されました!詳しくは「メンバー」ページをご覧ください。
2014.3.31 3月27日-30日に明治大学で開催されました「農芸化学会2014年度大会」に松田准教授、吉川助教、戸谷特任助教、徳山君、松迫くん、森田くんが発表しました。
2014.3.25 3月18日-20日に富山大学で開催されました「第55回日本植物生理学会」に松田准教授、吉川助教、日浅さんが発表しました。
2014.3.25 3月18日-20日に岐阜大学で開催されました「化学工学会第79年会」に清水教授、梶畠くんが発表しました。
2014.3.25

3月7日-9日に東京農業大学で開催されました「ゲノム微生物学会年会」に戸谷特任助教が発表しました。

2014.3.18

戸谷吉博特任助教の論文 "13C-Metabolic flux analysis in heterologous cellulase production by Bacillus subtilis genome-reduced strain"がJournal of Biotechnologyにアクセプトされました!

2014.2.25

理化学研究所、古澤チームとの共同研究の成果"Development of an automated culture system for laboratory evolutionがJournal of Laborarory Automation に掲載されました(博士課程前期2013年修了、源君の研究成果を含みます)。

2014.2.24

 2月21日(金)清水研4回生卒業論文発表会が無事終了しました。同日、追い出しコンパ開催。楽しい追い出し会となりました。

2014.2.17

 2月12日(水)修士論文発表会が無事終了し、伊東・岡橋・河崎・白木・松嶋くんが合格しました!おめでとうございます!!

2014.2.10

 2月6日(木)に韓国Handong global universityより教授2名学生7名が清水研へ見学に来られました!

2014.1.28

 1月23日(木)に1回生、1月27日(月)に3回生が清水研へ見学に来ました!

2014.1.27

バイオインダストリー協会発行『バイオサイエンスとインダストリー』(B&I)Vol.72No.1(2014年)の「学会見聞記 日本生物工学会大会(2013/9/18-20広島国際会議場)」(「生物化学工学・代謝工学・オミクス解析」の項目)に、博士前期課程2年白木孝典くんのポスター発表が取り上げられました。pdfはこちら

2013.12.21

博士前期課程1年の日浅夏希さんと徳山健斗くんが、ヒューマンウェアイノベーション博士課程プログラムの沖縄合宿に参加し、沖縄科学技術大学院大学(OIST)を見学しました。(写真

2013.12.17

松田准教授が東京大学農学部弥生講堂にて行われました『JBA新資源生物変換研究会シンポジウム 産業微生物の力を深化させる日本の技~育種の最前線~我が国独自の起点・技術から』にて「代謝シミュレーションによる細胞内代謝のデザインと工学的応用」という演題で講演しました。

2013.12.14-19

 Asian Congress on Biotechnology2013にて清水教授、吉川助教、戸谷特任助教が発表しました。

2013.12.2

 博士後期課程2年大野聡くんの論文"FastPros: Screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering"をプレスリリースしました!→阪大HP 最新研究成果リリース  / English ver.  詳しくは「研究内容」をご覧ください。

2013.11.22 11月22日(金)に千葉で開催されました「ラン藻の分子生物学2013」にて清水教授が発表しました。
2013.11.21 11月21日(木)に中央大学で開催されました農林水産技術会議「微細藻類バイオマス利用国際シンポジウム」にて吉川勝徳助教がポスター発表をしました。
2013.11.20 博士課程後期2年大野聡くんの論文"FastPros: Screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering"がBioinformatics誌にアクセプトされました!(11月14日)
2013.11.18 富田敦美さんが技術補佐員として着任しました。
 2013.11.8 博士後期課程2年大野聡くんが研究科選出学生として八大学工学系連合会博士学生交流フォーラムに参加しました(11月8日・9日京都大学桂キャンパス)。
 2013.11.7 "Potential of a Saccharomyces cerevisiae recombinant strain lacking ethanol and glycerol biosynthesis pathways in efficient anaerobic bioproduction"がBioengineered誌にアクセプトされました!
 2013.11.7 博士課程前期2年伊東佑真くんの論文 ”Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for improving succinic acid production based on metabolic profiling”がBioscience, Biotechnology, and Biochemistry誌にアクセプトされました!
 2013.11.6
共同研究の成果である"Improvement of isobutanol production in Saccharomyces cerevisiae by eliminating competing pathways and resolving cofactor imbalance"がMicrobial Cell Factories誌にアクセプトされました!
 2013.11.5
共同研究の成果である"A vector library for silencing central carbon-metabolism genes with antisense RNAs in Escherichia coli"がAEMに アクセプトされました!
2013.10.30-11.1
第1回がんと代謝研究会で修士課程2年の岡橋伸幸くんが発表しました。
2013.10.24 
 メンバーページ更新いたしました
2013.10.19-20
第一回代謝工学研究部会技術交流会を大阪コロナホテルにて開催いたしました。
2013.10.10-12
吉川勝徳助教がKAISTで行われた日韓微細藻類シンポジウムに参加しました。
2013.9.27
Sunisa Chatsurachaiさん送別会が梅田で行われました。
2013.9.25
森 英嗣さん、Sunisa Chatsurachaiさんの学位授与式が行われました。おめでとうございます!
2013.9.18-20
第65会日本生物工学会大会に参加しました。清水研からは計14題の発表をおこないました。
2013.9.2
HPをリニューアルしました!
2013.9.1

吉川勝徳さんが助教として着任されました。

2013.8.31
平沢 敬助教が東京工業大学へ准教授として栄転されました。
2013.8
 

技術補佐員、特任技術職員の募集を開始しました。機器分析経験者のご応募をお待ちしております。[終了しました]

2013.8
清水先生が大阪大学総長顕彰[研究部門]を受賞しました。おめでとうございます!
2013.7.13

Fuji Sankei Business iに清水先生の記事が掲載されました。

2013.6

森さんが博士課程を修了し、学位を取得しました。

2013.4
4年生5名が研究室に配属されました。おめでとうございます!これから一緒に頑張っていきましょう!
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