大阪大学大学院 情報科学研究科 代謝情報工学講座 清水浩研究室

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清水研究室にようこそ

生物は多くの代謝反応を動かしてエネルギーを獲得し自らを維持しています。生物を利用した物質生産では、目的とする物質の生産のために代謝をシステムとして最適化する必要があります。

代謝情報工学講座では微生物の合理的な微生物創製を目的としてコンピュータによる代謝デザインと安定同位体13C標識の取り込み実験による代謝フラックス解析法の開発を行っています。また、がん細胞の代謝状態を明らかにすることで、がん細胞の代謝遷移について明らかにしようとしています。

細胞の代謝状態を分析し、コンピュータ予測し、細胞を望ましい状態に制御する、このようなウェット生物学とドライ生物学の両輪の研究の進展と生命の理解を通して、生物工学の革新を目指します。

新着情報

2018.9.7

9月18日(火)~20日(木)に鹿児島大学 郡元キャンパスで開催されます化学工学会第50回秋季大会において清水教授・戸谷准教授が口頭発表、M1前田君がポスター発表を行います。

2018.9.3

9月8日(土)に大阪大学吹田キャンパス サントリー記念館メモリアルホールで開催されます日本生物工学会バイオ計測サイエンス研究部会第一回シンポジウムにおいて、清水教授が「微生物バイオプロセスにおける計測と育種・プロセス開発への展開」というタイトルで講演を行います。

2018.8.28

9月5日(水)~7日(金)に関西大学千里山キャンパスで開催されます日本生物工学会第70回大会において、清水教授が9月5日(水)「第12回生物工学功績賞」受賞講演を行い、9月7日(金)にはシンポジウム「エネルギーを使う、捨てる光合成の再最適化―合成生物工学にむけた未踏研究―」を開きます。

また、戸谷准教授、豊島特任助教、D3森田君、D1北村さん、M2上原さん・鎌田君・西口君が口頭発表を行います。

2018.7.30

清水教授が「計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究」で、9月5日(水)日本生物工学会第70回大会において「第12回生物工学功績賞」を受賞します!!

2018.7.30

卒業生和田さんが第一著者の論文 ''13C-metabolic flux analysis for mevalonate-producing strain of Escherichia coliが、9月5日(水)日本生物工学会第70回大会において「生物工学論文賞」を受賞します!!

2018.7.30

9月7日(金)関西大学千里山キャンパスで開催されます日本生物工学会第70回大会において、清水教授と東北大学魚住先生が、シンポジウム「エネルギーを使う、捨てる光合成の再最適化―合成生物工学にむけた未踏研究―」を開きます。

2018.7.13

博士後期課程 小川さんの論文 ''Transcriptome analysis of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 and mechanisms of photoinhibition tolerance under extreme high light conditions'' が ''Journal of Bioscience and Bioengineering’’ 誌に採択されました!!

2018.7.13

荒木さんの論文 ''Mass spectrometry-based method to study inhibitor-induced metabolic redirection in the central metabolism of cancer cells'' が ''Mass Spectrometry'' 誌に採択されました!!

2018.7.9

博士後期課程3年 森田君の研究に関連した論文 ''A pyruvate carbon flux tugging strategy for increasing 2,3-butanediol production and reducing ethanol subgeneration in the yeast Saccharomyces cerevisiae'' '' Biotechnology for Biofuels''誌に採択されました!!

2018.7.9

7月1日付で戸谷吉博助教が准教授に昇任になりました!

2018.6.15

6月24日(日)~6月28日(木)にドイツThe Westin Grand Munichで開催されますMetabolic Engineering 12において、清水教授が口頭発表、戸谷助教がポスター発表を行います。

2018.6.11

植林さんの論文 ”Comparative analysis of fermentation and enzyme expression profiles among industrial Saccharomyces cerevisiae strains が ”Applied Microbiology and Biotechnology” 誌に採択されました!!

2018.6.5

早川さんの論文 ” 13C-metabolic flux analysis of ethanol-assimilating Saccharomyces cerevisiae for S-adenosyl-L-methionine production が ”Microbial Cell Factories” 誌に採択されました!!

2018.5.18

5月27日(日)~5月29日(火)に秋保温泉岩沼屋ホテルで開催されます平成30年度春季領域会議において、清水教授が口頭発表、戸谷助教・豊島特任助教・M1大西君がポスター発表を行います。

2018.5.18

5月26日(土)~5月27日(日)に東北大学青葉山新キャンパスで開催されます第9回日本光合成学会年会およびシンポジウムにおいて、戸谷助教、豊島特任助教、M1大西君がポスター発表を行います。

2018.5.1

修士課程2年 徳丸雄磨君の論文 ”Comparative targeted proteomics of the central metabolism and photosystems in SigE mutant strains of Synechocystis sp. PCC 6803”が”Molecules”誌に採択されました!

2018.4.2

博士後期課程の野口真悟さん、学部4年生の池原 万由さん、川井 隆太郎さん、楠田 みのりさん、田中 涼さん、山本 千晶さん、TANDAR SEBASTIAN TOMMIさんが清水研究室に配属されました。どうぞ宜しくお願い致します。

2018.3.27

3月13日(火)~3月15日(木)に関西大学千里山キャンパスで開催されました化学工学会第83年会にて、D3和田圭介君の発表課題「安定同位体非定常の13C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析によるn-ブタノールを生産するSynechococcus elongatus PCC 7942の代謝状態の推定」が【優秀学生賞】を受賞いたしました!おめでとうございます!!

2018.3.22

3月28日(水)~3月30日(金)に札幌コンベンションセンターで開催されます第59回日本植物生理学会年会において、豊島特任助教、D3和田君、M1徳丸君がポスター発表を行います。

2018.3.12

修士課程2年楢崎由有樹君の論文 ”Expression of Saccharomyces cerevisiae cDNAs to enhance the growth of non-ethanol-producing S. cerevisiae strains lacking pyruvate decarboxylases”が”Journal of Bioscience and Bioengineering”誌に採択されました

2018.3.8

3月15日(木)~3月18日(日)にホテルナゴヤキャッスル・名城大学で開催されます日本農芸化学会2018において、D2森田君・M1神田君・B4大西君・B4丸山君が口頭発表を行います。

2018.3.8

3月13日(火)~3月15日(木)に関西大学千里山キャンパスで開催されます化学工学会第83年会において、戸谷助教が口頭発表を、D3和田君・D1北村さん・M1妹尾さんがポスター発表を行います。

2018.2.26

修士課程2年永井暉君の論文”Metabolic engineering of a mevalonate-producing Escherichia coli strain based on thermodynamic analysis”が”Metabolic Engineering”誌に採択されました。

2018.2.21

博士課程3年徳山健斗君の論文”Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain”が”Biotechnology and Bioengineering”誌に採択されました。

2018.2.2

平沢先生の論文 "Integrated analysis of transcriptome and metabolome of Corynebacterium glutamicum during penicillin-induced glutamic acid production" 〝Biotechnology Journal”誌に採択されました。

2018.2.2

上田君の論文 "Metabolic flux of the oxidative pentose phosphate pathway under low light conditions in Synechocystis sp. PCC 6803" 〝Journal of Bioscience and Bioengineering”誌に採択されました。

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