大阪大学大学院 情報科学研究科 代謝情報工学講座 清水浩研究室

English Page

清水研究室にようこそ

生物は多くの代謝反応を動かしてエネルギーを獲得し自らを維持しています。生物を利用した物質生産では、目的とする物質の生産のために代謝をシステムとして最適化する必要があります。

代謝情報工学講座では微生物の合理的な微生物創製を目的としてコンピュータによる代謝デザインと安定同位体13C標識の取り込み実験による代謝フラックス解析法の開発を行っています。また、がん細胞の代謝状態を明らかにすることで、がん細胞の代謝遷移について明らかにしようとしています。

細胞の代謝状態を分析し、コンピュータ予測し、細胞を望ましい状態に制御する、このようなウェット生物学とドライ生物学の両輪の研究の進展と生命の理解を通して、生物工学の革新を目指します。

新着情報

2017.11.14

11月20日(月)~22日(水)に沖縄科学技術大学院大学(OIST)セミナールームB205において開催されます科研費新学術領域研究「新光合成:光変換システムの再最適化」平成29年度秋期領域会議において清水教授、戸谷助教、豊島特任助教、M1・徳丸君、B4大西君が発表を行います。

2017.11.7

11月13日(月)~14日(火)にホテル阪急エキスポパークで行われます第11回メタボロームシンポジウムにおいて、戸谷助教、M2荒木さん、M1上原さん・西口君、B4丸山君が発表を行います。

2017.10.14

10月25日(水)~26日(木)に金沢東急ホテルで行われます金沢大学がん進展制御研究所平成29年度共同利用・共同研究拠点シンポジウム・成果発表会において、M1上原さん・M2荒木さん・清水教授がポスター発表を行います。発表タイトルは「がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明」です。

2017.10.13

10月18日(水)~22日(金)にJin Jiang International Hotel Xi’an(中国) で行われます国際学会YABEC2017において、D3徳山君がポスター発表を行います。発表タイトルは「Expanding the space of actual metabolic network for growth-coupled succinate production in Escherichia coli by adaptive laboratory evolution」です。

2017.10.2

平成29年11月7日(火)IT連携フォーラムOACISの第56回技術座談会にて、 戸谷助教が「バイオ情報技術を活用した細胞内代謝の解析」について講演を行います。 興味のある方はこちらから参加を申し込み下さい。

2017.10.2

本日、博士後期課程北村さや香さんが清水研究室に配属されました。どうぞ宜しくお願い致します。

2017.9.26

戸谷助教の論文"Optimal 13C-labeling of glycerol carbon source for precise flux estimation in Escherichia coli" Journal of Bioscience and Bioengineering”誌に採択されました。

2017.9.25

9月20日(水)~22日(金)に行われました化学工学会第49回秋季大会にて、M1妹尾幸枝さんの発表課題「光による遺伝子発現制御系を利用した大腸菌代謝制御の検討」が【バイオ部会優秀ポスター賞】を受賞いたしました!おめでとうございます!!

2017.9.14

共同研究者松田教授の総説”Learning from quantitative data to understand central carbon metabolism”が”Biotechnology Advances”誌に採択されました。

2017.9.11

9月20日(水)~22日(金)に名古屋大学東山キャンパスで行われます化学工学会第49回秋季大会において、清水教授、戸谷助教、D3和田君、M1鎌田君・妹尾さんが発表を行います。

2017.8.30

9月11日(月)~14日(木)に早稲田大学西早稲田キャンパスで行われます第69回日本生物工学会大会において、戸谷助教、豊島特任助教、D3徳山君・和田君、D2森田君、M1神田君・徳丸君・西口君が発表を行います。

2017.8.23

8月30日(水)~31日(木)に神戸市立神戸セミナーハウスで行われます新光合成&光合成若手の会ジョイント若手ワークショップにおいて豊島特任助教がポスター発表を行います。

2017.8.1

8月1日付で松田准教授が教授に昇任し、共生ネットワークデザイン学講座に異動されました。

2017.7.31

11月11日(土)~12日(日)に情報科学研究科B511オープンラボにて第5回代謝工学研究部会技術交流会を開催いたします。詳しくはこちらをご覧ください。

2017.7.18

7月19日(水)に京都産業技術研究所にて行われます第3回関西醸造研究セミナーにおいて、松田准教授が発表を行います。発表タイトルは「実用酵母中心代謝の比較プロテオミクス」です。

2017.7.13

7月17日(月)~21日(金)にシンガポールMarina Bay Sands Convention Centreにて行われます国際学会IUMS 2017において、D3徳山君がポスター発表を行います。

 2017.6.28

7月13日(木)~14日(金)に北海道大学医学部学友会館「フラテ」大ホールにて行われます第5回がんと代謝研究会in札幌において、松田准教授、M1上原さんがポスター発表を行います。

2017.6.8

松田准教授が、島津製作所、特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構と進めている共同研究の成果が島津製作所よりプレスリリースされました。
「島津製作所がシステム・バイオロジー研究機構、大阪大学と協業オープンプラットフォームで用いるマルチオミックス解析パッケージの提供を開始」

2017.5.26

6月4日(日)~8日(木)にアメリカ・インディアナポリスで行われます65th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topicsにおいて松田准教授が発表を行います。発表タイトルは「Automated visualization of metabolome, proteome and fluxome data on  Garuda – a connectivity platform for biomedical analytics」です。

2017.5.22

5月27日(土)~28日(日)に龍谷大学瀬田キャンパスにて行われます第8回日本光合成学会年会およびシンポジウムにおいて、戸谷助教、豊島特任助教がポスター発表を行います。

2017.5.10

5月17日(水)~19日(金)につくば国際会議場エポカルつくばにて行われます第65回質量分析総合討論会おいて、松田准教授、M1上原さん、M1西口君、M1徳丸君が発表を行います。

2017.5.1

5月1日、清水研究室に技術補佐員の阪田真澄さんが着任されました。どうぞ宜しくお願い致します!

2017.4.24

松田准教授の論文"Prediction of hopeless peptides unlikely to be selected for targeted proteome analysis"がMass Spectrometry誌に採択されました。

2017.4.5

4月6日(木)~7日(金)に韓国Konkuk University New Millenium Hallで行われます2017 Annual Symposium and General Meeting of Korea Metabolomics Society (KoMetS) において戸谷助教が招待講演を行います。講演タイトルはApplication of 13C-metabolic flux analysis for efficient mevalonate production in Escherichia coli です。

2017.4.3

本日6名の新4年生が配属されました。どうぞ宜しくお願い致します!!

2017.3.13

3月17日(金)~20日(月)にウェスティン都ホテル京都・京都女子大学にて行われます日本農芸化学会2017年度大会において、松田准教授、D1森田君が発表を行います。

2017.3.13

3月16日(木)~18日(土)に鹿児島大学郡元キャンパスにて行われます第58回日本植物生理学会において、戸谷助教、D2和田君、B4西口君、B4徳丸君が発表を行います。

2017.3.9

化学工学会第82年会にて、D2徳山君の発表課題「実験室進化実験に基づく大腸菌の高コハク酸生産に有効な変異同定」が、【優秀学生賞】を受賞いたしました。おめでとうございます!

2017.3.2

松田准教授の論文''Targeted proteome analysis of single-gene deletion strains of Saccharomyces cerevisiae lacking enzymes in the central carbon metabolism’’がPLOS ONE誌に採択されました。

2017.3.2

3月6日(月)~8(水)に芝浦工業大学豊洲キャンパスで行われます化学工学会第82年会において、戸谷助教、D2徳山君、B4神田君、B4上原さんが発表を行います。

2017.3.2

3月6日(月)~8(水)に愛媛大学城北キャンパスで行われます日本農薬学会第42回大会において、松田准教授が発表を行います。

2017.3.1

3月1日に清水研究室に特任助教の豊島正和先生が着任されました。どうぞ宜しくお願い致します!

2017.1.26

吉川先生の論文''Metabolic engineering of Synechocystis sp. PCC 6803 for enhanced ethanol production based on flux balance analysis’’がBioprocess and Biosystems Engineering誌に採択されました。

2017.1.5

仲嶋君の論文"Metabolic flux analysis of Synechocystis  sp. PCC6803 ΔnrtABCD mutant reveals a mechanism for metabolic adaptation to nitrogen-limited conditions"がPlant and Cell Physiology誌に採択されました。

2017.1.4

本日より清水研スタートです。本年もどうぞ宜しくお願い致します。

2016.12.21

12月16日より清水研究室に技術補佐員の北野博司さんが着任されました。どうぞ宜しくお願い致します!

2016.12.14

12月16日(金)~18(日)にHaeundae Grand Hotel(韓国プサン)で行われます国際シンポジウムiBioP2016において、戸谷助教が発表を行います。発表タイトルは「Metabolic flux measurement for efficient mevalonate production in Escherichia coli」です。

2016.11.22

【採用情報(特任助教)】当研究室では、本年度よりスタートした科学研究費補助金、新学術研究「新光合成:光エネルギー変換システムの最適化」の計画班の1つである「プロトン駆動力による細胞内代謝制御」における特任助教の公募を行っております。詳細はこちらをご覧ください。

2016.11.14

【採用情報(技術補佐員)】当研究室では、技術補佐員(非常勤)の公募を行っております。詳細は下記リンクの公募情報をご覧ください。

新学術領域研究「新光合成:光エネルギー変換システムの最適化」の領域研究班における機器分析補佐業務 

2016.11.14

11月21日(月)~22日(火)に早稲田大学 国際会議場 井深大記念ホールにおいて開催されます「細胞を創る」研究会9.0において、M1楢崎君がポスター発表を行います。

2016.10.14

10月21日(金)~23日(日)に中国上海(Shanghai China)において開催されるInternational Conference on the Metabolic Science(ICMS 2016)において、清水教授が” Integration of in silico design and experimental evaluation of metabolic pathways for creation of microbial cell factories”というタイトルで招待講演を行います。

2016.10.14

10月16日(日)~20日(木)に中国武漢(Wuhan China)において開催されるThe 13th International Symposium on the Genetics of Industrial Microorganisms(GIM2016)において、清水教授が”13C-metabolic flux analysis for rational design of metabolic pathway modification of the industrially useful microorganisms”というタイトルで招待講演を行います。また、D3小川健一君が” Development of high-light stress tolerant strain of Synechocystis sp. PCC 6803 by adaptive evolution”というタイトルでポスター発表を行います。

2016.10.14

10月19日(水)~21日(金)に鶴岡メタボロームキャンパス レクチャーホールで開催される第10回メタボロームシンポジウムにおいて、松田准教授、D3岡橋君、M1荒木さん、B4西口君が発表を行います。

2016.10.5

松田准教授の総説"Technical challenges in mass spectrometry-based metabolomics"がMass Spectrometry誌に採択されました。

2016.9.26

生越君の論文"Combinatorial deletions of glgC and phaCE enhance ethanol production in Synechocystis sp. PCC 6803"がJournal of Biotechnology誌に採択されました。

2016.9.26

9月28日(水)~30日(金)に富山国際会議場・ANAクラウンプラザホテル富山で行われます第68回生物工学会大会にて、松田准教授・戸谷助教・D3岡橋君・D2徳山君・D1森田君・M2増田さん・M1永井君が発表を行います。

2016.9.20

9月22日東京大学理学部二号館講堂において行われます 科研費 新学術領域「新光合成:光変換システムの再最適化」公募説明会において、清水教授が システムバイオテクノロジーによる光合成と細胞内代謝の統合理解 というタイトルで講演を行います。

2016.9.12

9月6日(火)~8日(木)に行われました化学工学会第48回秋季大会にて、D2徳山健斗君の発表課題「in silico代謝設計と実験室進化実験の統合によるコハク酸高生産大腸菌の構築」が【バイオ部会優秀ポスター賞】を受賞いたしました!おめでとうございます!!

2016.9.7

9月11日(日)~9月15日(木)に淡路島夢舞台国際会議場で行われます国際会議 ICY2016 14th International Congress On Yeasts にて松田准教授が招待講演を、D1森田君がポスター発表を行います。

2016.9.1

新学術領域研究「新光合成:光エネルギー変換システムの再最適化」 代表:皆川純 基礎生物学研究所教授)が発足し、私たちの研究室は計画班として参画しています。

2016.8.30

9月6日(火)~8日(木)に徳島大学常三島キャンパスで行われます化学工学会第48回秋季大会にて、戸谷助教、D2徳山君・和田君、M1後野君がポスター発表を行います。

2016.8.30

9月1日(木)~3日(土)に信州大学繊維学部で行われます第34回日本植物細胞分子生物学会(上田)大会にて、松田准教授が発表を行います。タイトルは「シアノバクテリア Synechocystis sp. PCC 6803代謝の定量プロテオーム解析」です。

2016.8.23

11月19日(土)~20日(日)に情報科学研究科B618演習室にて第四回代謝工学研究部会技術交流会を開催いたします。詳しくはこちらをご覧ください。

2016.8.22

8月18日(木)~19日(金)に滋賀へ講座旅行へ行ってきました!

2016.8.1

「メッセージ」「研究内容」を随時更新しています。

2016.8.1

博士課程2年和田圭介君の論文"13C-metabolic flux analysis for mevalonate-producing strain of Escherichia coli"がJournal of Bioscience and Bioengineering誌に採択されました

2016.7.28

7月28日(木)に神戸大学百年記念館六甲ホールで行われました第6回合成生物工学シンポジウムにて、清水教授が招待講演を行いました。タイトルは「In silico代謝デザインと13C代謝フラックス解析による微生物細胞工場の創製」です。

2016.7.22

7月28日(木)~29日(金)に北里大学薬学部白金キャンパスにて行われます日本プロテオーム学会2016年大会にて、松田准教授が招待講演を行います。タイトルは「Trans-omics analysis of the central metabolism in yeast」です。

2016.7.19

2016年度生物工学若手会夏のセミナーにて、D3岡橋君の発表課題「海馬培養切片での繰り返し長期増強の誘発に伴うグルコース取り込みと乳酸排出の活性化」が、【バイオリーダーズ賞】を受賞いたしました。おめでとうございます!

2016.7.13

7月16日(土)~17日(日)にホテルコンチネンタル府中で行われます2016年度生物工学若手会夏のセミナーにて、D3岡橋君・D2徳山君がポスター発表を行います。

2016.7.5

7月7日(木)~8日(金)にかごしま県民交流センターで行われます第4回がんと代謝研究会にて、D3岡橋君が発表をいたします。発表タイトルは「同位体ターンオーバー情報を用いた中心代謝フラックス解析法の構築」です。

2016.6.27

昨年博士課程を修了したRiyanto君の論文"Positive effects of proline addition on the central metabolism of wild-type and lactic acid-producing Saccharomyces cerevisiae strains"がBioprocess and Biosystems Engineering誌に採択・掲載されました。

2016.6.21

松田史生准教授の論文"Regular expressions of MS/MS spectra for partial annotation of metabolite features"がMetabolomics誌に採択・掲載されました。

2016.6.20

清水教授が運営委員長の1人を務めます国際学会 Metabolic Engineering11が6月26日(日)~6月30日(木)に淡路島 夢舞台で開催され、松田准教授、戸谷助教、D3岡橋君、D2徳山君、和田君、D1森田君が発表を行います。

2016.6.13

7月1日(金)13:00~ 吹田キャンパス情報科学研究科B101号室にて、代謝工学の国際会議で来日される先生をお招きし、セミナーを 実施することとなりました。詳しくはこちらをご覧ください。関心をお持ちの方はどなたでも来聴歓迎です。たくさんの方々のご来場をお待ちしています!

2016.6.9

博士課程2年早川謙嗣君の論文"Metabolome analysis of Saccharomyces cerevisiae and optimization of culture medium for S-adenosyl-L-methionine production"がAMB Express誌に採択・掲載されました。

2016.6.2

修士課程2年前田昂亮君の論文"Investigation of useful carbon tracers for 13C-metabolic flux analysis of Escherichia coli by considering five experimentally determined flux distributions"がMetabolic Engineering Communications誌に採択・掲載されました。

2016.6.1

博士課程3年岡橋伸幸君の論文"GC-MS/MS survey of collision-induced dissociation of tert-butyldimethylsilyl-derivatized amino acids and its application to 13C-metabolic flux analysis of Escherichia coli central metabolism"がAnalytical and Bioanalytical Chemistry誌に採択・掲載されました。

2016.5.30

6月5日から9日まで米テキサス州で行われます国際学会ASMSに、D3岡橋伸幸君と松田准教授が参加し、ポスター発表をします。

2016.5.24

5月27日(金)、28日(土)に東京理科大学葛飾キャンパスで行われます第7回日本光合成学会の28日のポスターセッションで清水教授が報告します。タイトルは「光強度を段階的に制御可能なフォトバイオリアクターを用いたシアノバクテリアの遺伝子発現解析」です。

2016.5.16

5月18日(水)から20日(金)までホテル阪急エキスポパークで行われます第64回質量分析総合討論会で、M1荒木さん、植林さん、D3岡橋君、松田准教授がポスター発表します。松田准教授は20日(金)のオーラルセッション「メタボロミクスの最新技術と応用」で基調講演も行います。

2016.5.9

5月12日(木)、13日(金)に千里ライフサイエンスセンターで行われます日本薬物動態学会第30回ワークショップにて、13日(金)に松田准教授が発表します。発表タイトルは「細胞内代謝フラックスを実測する。予測する。」です。

2016.4.12

4月11日(月)に研究室でマスター、ドクターの中間発表会を行いました。みなさんお疲れさまでした!

2016.4.1

本日、新4年生が6名清水研に配属されました。詳しくはメンバーページをご覧ください。1年間どうぞ宜しくお願い致します。

2016.3.28

本日は卒業式・修了式・学位授与式が執り行われます。卒業生・修了生のみなさん、おめでとうございます!

2016.3.23

3月27日から30日まで札幌で日本農芸化学会2016年度大会が行われ、スタッフ、M2森田君、D2岡橋君が発表します。

2016.3.17

化学工学会第81年会で、D2岡橋伸幸君が最優秀学生賞を、M1前田昂亮君が優秀学生賞を受賞しました。おめでとうございます!受賞課題については業績ページをご覧ください。

2016.3.17

本日から岩手大学で行われております第57回日本植物生理学会年会で松田准教授が発表します。タイトルは「シアノバクテリア中心代謝のトランスオミクス解析」です。

2016.3.10

3月13日(日)から15日(火)まで関西大学千里山キャンパスで行われます化学工学会第81年会で、戸谷助教、D2岡橋君、D1徳山君、M1前田君、B4荒木さん、永井君が発表します。

2016.3.9

4年ぶりの同窓会を平成28年5月7日(土) 17:30~19:30@ホテルグランヴィア大阪で行います。万障お繰り合わせの上、多くのOBのみなさまに是非ご出席くださいますようご案内申し上げます。詳細はスタッフまでご連絡ください。

2016.3.7

3月14日(月)に月桂冠昭和蔵で開催されます第81回酵母研究会講演会で松田准教授が報告します。タイトルは「酵母代謝工学に向けた中心代謝システムの解析」です。

2016.2.29

GCMS Technical Report(テクニカルレポート)「GC-MSを用いた13C代謝フラックス解析法の紹介」が島津製作所HPにて公開されました。

2016.2.25

3月3日(木)、4日(金)に東大本郷キャンパスで行われますCRESTシンポジウム「トランスオミクスによる生命システムの解明」で松田准教授が4日のセッションⅣに参加します。発表タイトルは「中心代謝のトランスオミクスデータ解読に向けて」です。

2016.2.25

2月22日(月)に研究室でB4の卒業論文発表会を行いました。お疲れさまでした。

2016.2.17

2月16日(火)、バイオ情報工学専攻にて修士論文発表会を行いました。M2のみなさん、お疲れさまでした!

2016.1.27

本日、バイオ情報工学専攻では、M1,D1,D2のポスター発表形式の中間報告会を行いました。M1,D1,D2のみなさん、お疲れさまでした!

2016.1.12

1月21日(木)13時半より工学研究科C2棟メモリアルホールにて日本生物工学会代謝工学研究部会第4回シンポジウムを開催いたします。参加費無料、参加登録不要です。たくさんの方々のご参加をお待ちいたしております!

2016.1.4

本日より清水研スタートです。今年もよろしくお願い致します!

過去の新着情報