大阪大学大学院 情報科学研究科 代謝情報工学講座 清水浩研究室

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清水研究室にようこそ

生物は多くの代謝反応を動かしてエネルギーを獲得し自らを維持しています。生物を利用した物質生産では、目的とする物質の生産のために代謝をシステムとして最適化する必要があります。

代謝情報工学講座では微生物の合理的な微生物創製を目的としてコンピュータによる代謝デザインと安定同位体13C標識の取り込み実験による代謝フラックス解析法の開発を行っています。また、がん細胞の代謝状態を明らかにすることで、がん細胞の代謝遷移について明らかにしようとしています。

細胞の代謝状態を分析し、コンピュータ予測し、細胞を望ましい状態に制御する、このようなウェット生物学とドライ生物学の両輪の研究の進展と生命の理解を通して、生物工学の革新を目指します。

新着情報

2022.9.26
9月28日(水)~30日(金)に韓国 Jeju Shinwha World/オンラインで開催されます国際学会2022 KSBB Fall Meeting and International Symposiumにおいて、戸谷准教授が招待講演を行います。講演タイトルは「Optogenetic approaches for efficient microbial bio-productions」です。
2022.9.5
9月14日(水)~16日(金)に信州大学長野(工学)キャンパス/オンラインで開催されます化学工学会第53回秋季大会において、清水教授、戸谷准教授、二井手助教、M2田中君が口頭発表を、M1多田君がポスター発表を行います。
2022.824
 
戸谷准教授が日本生物工学会の第45回生物工学奨励賞 (照井賞) を受賞しました。
2022.8.5
 

野口さんの論文 "13C Metabolic flux analysis clarifies distinct metabolic phenotypes of cancer cell spheroid mimicking tumor hypoxia"が、"Metabolic Engineering" 誌に採択されました!

がん細胞の3次元培養の代謝状態を代謝フラックス解析により明らかにした内容で、第一三共株式会社との共同研究の成果です。

2022.7.22
川井さんの論文"Metabolic pathway design for growth-associated phenylalanine production using synthetically designed mutualism"が、"Bioprocess and Biosystems Engineering"誌に採択されました!
2022.7.1
 
7月1日、清水研究室に事務補佐員の嘉藤田裕美さんが着任しました。どうぞよろしくお願い致します!
2022.5.11
日本生物工学会 代謝工学研究部会の技術交流会を開催します(2022年9月22日)。
オンライン開催になります。奮ってご参加ください。
参加申し込みなど詳細はこちら(8月22日〆切)。
2022.5.2
Metabolic Engineering誌に掲載された論文の内容について、朝日新聞の夕刊3面のぷらっとラボで紹介されました(大腸菌光でパワーアップ)。
2022.4.18
戸谷准教授の論文、”Metabolic pathway engineering for the non-growth-associated succinate production in Escherichia coli based on flux solution space” が、”Journal of Bioscience and Bioengineering”誌に採択されました!!
2022.4.15
清水教授と戸谷准教授による藍藻のシステムバイオロジーに関する総説「多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー」が生物物理誌に掲載されました。
2022.4.15
卒業生の徳山さんと清水教授のバイオDXに関する総説「バイオによるものづくりに貢献する機械学習・深層学習技術」が化学工学会誌に掲載されました。
2022.4.13
4月22日(金)に京都大学・オンラインでハイブリッド開催されます酵素工学研究会第87回講演会において、二井手助教が講演を行います。講演タイトルは「タンパク質の構造保存性と合理的機能設計」です。
2022.4.4
谷准教授、鎌田君、田中(涼)君、佐野君、北村さんの研究で、静岡県立大学、神戸大学、松田史生研究室との共同研究論文 "Optogenetic reprogramming of carbon metabolism using light-powering microbial proton pump systems" がMetabolic Engineering誌に採択され、プレスリリースしました。
2022.4.1
本日、清水研究室にB4:5名が配属されました!どうぞよろしくお願い致します!
2022.3.24
M2:5名が修士修了、B4:6名が卒業しました。おめでとうございます!!
2022.3.1
3月22日(火)~24日(木)にオンライン開催されます第63回日本植物生理学会年会において、D1今田君がポスター発表を行います。
2022.3.1
3月16日(水)~18日(金)に神戸大学鶴甲第1キャンパス/オンラインで開催されます化学工学会第87年会において、戸谷准教授・二井手助教が口頭発表を、M2三吉君・M1赤木君・B4川本君・小林君・多田君・宮脇君がポスター発表を行います。
2022.2.28
2021論文賞論文紹介記事が生物工学会誌に掲載されました。
2021.12.28

森田さんの論文 "Improvement of 2,3-butanediol production by dCas9 gene expression system in Saccharomyces cerevisiae"が "Journal of Bioscience and Bioengineering"誌に採択されました!

2021.12.14

川井さんの論文"Acceleration of target production in co-culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution"が"Biotechnology and Bioengineering"誌に採択されました!

2021.12.2

清水浩教授と豊島正和先生(現神戸大)の執筆した教科書 清水浩、豊島正和、"第Ⅳ部、3. 光合成のカギとなる段階を探せ、光合成"、pp.174-178、日本光合成学会編、朝倉書店、(2021)が出版されました。

2021.11.26

清水教授のレビュー論文"Recent advances in metabolic engineering –integration of in silico design and experimental analysis of metabolic pathways"が掲載されている日本生物工学会創立100周年記念JBB特集号がArticle collectionsの Virtual Special Issue(VSI)としてScienceDirect上で公開されました。(Open Accessです!)

2021.11.8

10月27日(水)~29日(金)にオンライン開催された第73回日本生物工学会大会において、M1佐野君の発表課題「光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換」がトピックス賞を受賞しました!おめでとうございます!!

2021.11.4

11月19日(金)にオンライン開催されます第68回日本放線菌学会学術講演会において戸谷准教授が招待講演を行います。

2021.10.26

清水教授が執筆した総説  "バイオプロセス運転の最適化と自動化" が生物工学会誌に掲載されました!

2021.10.22

10月27日(水)~29日(金)にオンライン開催されます第73回日本生物工学会大会で清水教授が「環境調和型ものづくり-発酵技術の高度化-」というタイトルでJST主催のランチタイムセミナーで基調講演を行います。

2021.10.11

10月27日(水)~29日(金)にオンライン開催されます第73回日本生物工学会大会において、戸谷准教授、M2澤田君・田島君・三吉君、M1上野君・佐野君・杉木君・田中君・村上さんが口頭発表を行います。

2021.10.1

10月1日、清水研究室に技術補佐員の北村さや香さん、事務補佐員の石原かおりさんが着任しました。どうぞ宜しくお願い致します!

2021.9.27

9月22日(水)~24日(金)にオンライン開催された化学工学会第52回秋季大会にて、M1赤木君の発表課題「青色光による遺伝子発現制御系を用いた大腸菌代謝制御の検討」が【バイオ部会優秀ポスター賞】を受賞しました!おめでとうございます!!

2021.9.24

楠田さんの論文"Reactor control system in bacterial co-culture based on fluorescent proteins using an Arduino-based home-made device"が"Biotechnology Journal"誌に採択されました!

2021.9.9

清水教授のレビュー論文"Recent advances in metabolic engineering –integration of in silico design and experimental analysis of metabolic pathways"が"Jour Biosci Bioeng"誌に採択されました!

2021.9.7

9月22日(水)~24日(金)にオンライン開催(一部セッションは双方向ライブ配信併用)されます化学工学会第52回秋季大会において、清水教授、戸谷准教授が口頭発表を、M1赤木君・M1杉木君がポスター発表を行います。

2021.6.25

味の素株式会社との共同の論文”Data science-based modeling of lysine fermentation process ”が日本生物工学会第29回生物工学論文賞に決定しました。

2021.6.25

7月11日(日)~15日(木)にオンライン開催されますMetabolic Engneering 14において、清水教授、戸谷准教授がポスター発表を行います。

2021.6.24

日本生物工学会 代謝工学研究部会の技術交流会を開催します(2021年10月14日)。
オンライン開催になります。奮ってご参加ください。
参加申し込みなど詳細はこちら(8月31日〆切)

2021.6.21

豊島先生、阪田さんの研究で、神戸大学秋本研との共同研究 "Proteome analysis of response to different spectral light irradiation in Synechocystis sp. PCC 6803"が、"Journal of Proteomics "誌に採択されました!

2021.5.24

6月28日(月)にオンライン開催されます未来へのバイオ技術"勉強会「遠隔・自動化・制御」(主催:バイオインダストリー協会)において戸谷准教授が招待講演を行います。

2021.5.13

味の素株式会社、松田史生研究室との共同研究論文”Soft-sensor development for monitoring the lysine fermentation process”が”Jour Biosci Bioeng”誌に採択されました!

2021.5.13

金沢大学、松田史生研究室との共同研究論文”Treatment of RB1-intact hepatocellular carcinoma with CDK4/6 inhibitor combination therapy”が”Hepatology”誌に採択されました!

2021.5.1

5月1日、清水研究室に事務補佐員(派遣)の辰見美希さんが着任されました。どうぞ宜しくお願い致します!

2021.4.23

論文”Random transfer of Ogataea polymorpha genes into Saccharomyces cerevisiae revealed a complex background of heat tolerance”が”Journal of Fungi”誌に採択されました!

2021.4.1

本日、清水研究室にD1:1名が入学、B4:6名が配属されました!どうぞよろしくお願い致します!

2021.3.24

D3:1名、M2:4名、B4:7名が修了しました。おめでとうございます!

2021.3.18

吉川先生、小川さん、戸谷先生のシアノバクテリアの強光耐性に関する論文がCommunications Biologyに掲載され、プレスリリースしました。神戸大学秋本先生との共同研究です。

2021.3.8

3月20日(土)~22日(月)にオンライン開催されます化学工学会第86年会において戸谷准教授・二井手助教が口頭発表を行います。

2021.3.5

3月19日(金)~22日(月)にオンライン開催されます日本化学会第101春季大会において清水教授が招待講演を行います。

2021.3.5

3月18日(木)~21日(日)にオンライン開催されます日本農芸化学会2021年度大会においてB4村上さんが口頭発表を行います。

2021.3.2

3月14日(日)~16日(火)にオンライン開催されます第62回日本植物生理学会年会において清水教授が招待講演を、豊島特任助教・M2矢島君がポスター発表を、M1田島君が口頭発表を行います。

2021.3.2

3月10日(水)にオンライン開催されます関西スマートセルフォーラム2021において、戸谷准教授が招待講演を行います。

2021.2.12

豊島特任助教が科学研究費新学術研究新光合成でメタボローム解析で関わられた東工大久堀研との共同研究の論文"Thioredoxin pathway in Anabaena sp. PCC 7120: case of the NADPH-thioredoxin reductase C"が、"The Journal of Biochemistry"誌に採択されました

2021.2.1

清水教授が教育貢献部門で令和2年度大阪大学賞(業績名:分野融合研究を推進する
博士人材育成大学院教育プログラムへの貢献)を受賞しました。

2020.12.11

 

豊島特任助教の論文 "Role of type I NADH dehydrogenase in Synechocystis sp. PCC 6803 under phycobilisome excited red light"が、"Plant Science”誌に採択されました!

2020.12.4

12月4日(金)にオンライン開催されます日本生物工学会【関西支部】2020年度 学生オンライン発表会において、M2川井君が口頭発表を行います。

2020.12.2

西口さんの論文 "Novel allosteric inhibition of phosphoribulokinase identified by ensemble kinetic modeling of Synechocystis sp. PCC 6803 metabolism"が、“Metabolic Engineering Communications”誌に採択されました!

2020.11.26

 

11月27日(金)にオンライン開催されます上海交通大学学術交流セミナーにおいて戸谷准教授が招待講演・M2山本さんが口頭発表を行います。

2020.11.26

 

11月27日(金)にオンライン開催されますOACIS第39回シンポジウム「ICT産学連携フェア2020 ニューノーマルにおける学び方・働き方」においてM1塚本君がポスター発表を行います。

2020.11.4

修士課程2年 山本さんの論文”Estimation of linear and cyclic electron flows in photosynthesis based on 13C-metabolic flux analysis ”が”Journal of Bioscience and Bioengineering誌に採択されました!

2020.10.22

北村さんの論文 "Identification of a rate-limiting step in a metabolic pathway using the kinetic model and in vitro experiment" が "Journal of Bioscience and Bioengineering"誌に採択されました!

2020.9.29

9月24日(木)~26日(土)にオンライン開催されました化学工学会第51回秋季大会にて、M1塚本雅士さんの発表課題「光誘導スイッチを利用した代謝フラックスの動的な調節技術の開発」が【バイオ部会優秀ポスター賞】を受賞いたしました!おめでとうございます!!

2020.9.7

 

9月24日(木)~ 9月26日(土)にオンライン開催されます化学工学会第51回秋季大会において清水教授・戸谷准教授が口頭発表を、M2川井君・M1塚本君・三吉君がポスター発表を行います。

2020.9.1

 

9月19日(土)~ 9月21日(月/祝)にオンライン開催されます日本植物学会第84回大会において、豊島特任助教がポスター発表を行います。

2020.8.20

9月1日(火)~9/3(木)にオンライン開催されます2020年日本バイオインフォマティクス学会年会・第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)において、戸谷准教授が招待講演を行います。タイトルは ”フラックスバランス解析を利用した増殖連動型物質生産のための代謝設計とその応用” です。

2020.8.7

豊島特任助教、徳丸さんの論文 "Assessment of protein content and phosphorylation level in Synechocystis sp. PCC 6803 under various growth conditions using quantitative phosphoproteomic analysis" が "Molecules"誌に採択されました!

2020.8.4

社会人博士後期課程3年野口さんの論文 ”Direct and quantitative analysis of altered metabolic flux distributions and cellular ATP production pathway in fumarate hydratase-diminished cells” が "Scientific Reports"誌に採択されました!

2020.7.27

徳山さんの論文"Data science-based modeling of the lysine fermentation process"が”Jour Biosci Bioeng”誌に採択されました! 味の素株式会社との共同によるデータサイエンス駆動型リジン発酵プロセス予測モデリングに関する研究です。

2020.5.8

後野さんの論文 "Transcription factor ArcA is a flux sensor for the oxygen consumption rate in Escherichia coli" が "Biotechnology Journal"誌に採択されました!

2020.4.20

戸谷准教授の総説 "Flux controlling technology for central carbon metabolism for efficient microbial bio-production" が "Current Opinion in Biotechnology"誌に採択されました!

2020.4.1

本日、清水研究室に助教の二井手 哲平先生が着任され、6名のB4が配属されました!どうぞよろしくお願い致します!

2020.3.25

D3:1名、M2:1名、B4:5名が修了しました。おめでとうございます!

2020.2.1

2月1日、清水研究室に技術補佐員の一色衣香さん・山口りつ子さんが着任されました。どうぞ宜しくお願い致します!

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