Shimizu Lab. Graduate School of Information Science and Technology,Osaka University

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Reviews

2019

  1. 代謝工学におけるバイオインフォマティクスの利用,戸谷吉博, 松田史生,生物工学誌,97(5):261-264(2019)
  2. 計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究, 清水浩, 生物工学誌, 97(1):13-20(2019)

2018

  1. Editorial overview: Recent progress in analytical technologies for design-build-test-learn cycle in biotechnology, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda. Current Opinion in Biotechnology, 54, 145-147 (2018)

2017

  1. Learning from quantitative data to understand central carbon metabolism,Fumio Matsuda, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu, Biotechnology Advances, 35(8):971-980(2017)
  2. 第4章-13 細胞内中心代謝フラックスの解析」できる・わかる生命科学の数理モデルとシミュレーション, 松田史生, 実験医学2017年3月増刊号, 35:207-210(2017)

2016

  1. 計算機シミュレーションを利用した代謝デザイン技術-有用物質生産の効率化を目的とした代謝経路の改変, 戸谷 吉博, 化学と生物, (2016)

  2. Recent advances in amino acid production by microbial cells, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu. Current Opinion in Biotechnology, 42:133–146 (2016)

2015

  1. 代謝デザインと13C同位体標識を用いた代謝フラックス解析の物質生産への応用, 清水浩, 松田史生, 戸谷吉博. 化学と生物, 53:455-461 (2015)

2014

  1. 応用代謝シミュレーションによる細胞内代謝のデザイン,と工学的応用, 松田史生, 吉川勝徳, 清水浩, 生物工学会誌, 92:593-597 (2014)

2013

  1. 生命現象の数理表現と生命システムデザイン, 清水浩. 生物工学会誌, 91:712-716 (2013)
  2. Flux analysis and metabolomics for systematic metabolic engineering of microorganisms,Toya Yoshihiro, Shimizu Hiroshi,Biotechnology Advances,31(6):818-826(2013)

2012

  1. 光合成微生物システムバイオロジー, 吉川勝徳, 古澤力, 平沢敬, 清水浩, 生物工学会誌, 90:627-628 (2012)
  2. 代謝工学の創成と発展 -代謝解析とオミクス研究との融合, 清水浩, 古澤力, 平沢敬, 吉川勝徳, 小野直亮, 戸谷吉博, 白井智量. 生物工学会誌, 90:619-620 (2012)
  3. Differential importance of trehalose accumulation in Saccharomyces cerevisiae in response to various environmental stresses, Siraje Arif Mahmud, 平沢敬, 清水浩. 生物工学会誌, 90:80 (2012)

2011

  1. Metabolic flux analysis and visualization,Yoshihiro Toya, Nobuaki Kono, Kazuharu Arakawa, Masaru Tomita, J. Proteome Res,10(8):3313-3323 (2011)

2010

  1. Saccharomyces cerevisiae and DNA microarray analyses: what did we learn from it for a better understanding and exploitation of yeast biotechnology, Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. Applied Microbiology and Biotechnology, 87:391-400 (2010)
  2. Development of a Prediction System for Metabolic Fluxes based on Genome Information, Yohei Shinfuku, Natee Sorpitiporn, Masahiro Sono, Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu. ソフトウエアバイオロジー, 9:18-21 (2010)

2009

  1. 乳酸生産能を付与した酵母の網羅的遺伝子発現情報に基づいた生産性向上のための育種, 平沢敬, 大久保亜紀, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩. ソフトウエアバイオロジー, 8:54-61 (2009)

2008

  1. 微生物代謝のシステムバイオロジー ―オミックス解析からシミュレーションへ―,戸谷吉博, 石井伸佳, 冨田勝,バイオインダストリー,25:44-51(2008)
  2. Beer Volatile Compounds and Their Application to Low-Malt Beer Fermentation, Michiko Kobayashi, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya. Journal of Bioscience and Bioengineering, 106:317-323 (2008)
  3. バイオ情報を基盤とする有用生物創製の時代を拓く代謝情報工学, 清水浩, 古澤力, 平沢敬. バイオサイエンスとインダストリー, 66:426-432 (2008)
  4. ゲノムワイドな網羅的解析を用いた有用微生物の創製, 平沢敬. 生産と技術60:16-19 (2008)
  5. ビール醸造におけるアルコール濃度と揮発性成分の同時制御法, 小林倫子, 清水浩, 塩谷捨明. ソフトウエアバイオロジー, 8:44-47 (2008)
  6. ガスクロマトグラフ-質量分析計によるコリネ型細菌の精密な代謝フラックス解析と核磁気共鳴を用いた解析結果の検証, 白井智量, 松崎匡浩, 葛本雅宣, 永久圭介, 古澤力, 塩谷捨明, 清水浩. 生物工学会誌, 86:14 (2008)

2006

  1. 清水浩. バイオ情報工学の展開, ソフトウエアバイオロジー, 6:3-7 (2007)

2005

  1. 清水浩. バイオインフォマティクスデータを統合する代謝情報工学, 生産と技術, 57:55-58 (2005)
  2. Hiroshi Shimizu. Analysis of Complex Bionetworks and Creation of Industrially Useful Organisms, based on Bioinformatic Data, ソフトウェアバイオロジー, 4:2-6 (2005)

2004

  1. 複雑系としての生命システムの論理 --細胞状態の普遍統計則を中心にして--, 古澤力, 金子邦彦. 細胞工学 (2004)
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